La creación del Centro fue la consecuencia de haberse alcanzado una masa crítica de investigadores en la Sección de Fermentaciones Industriales en el Departamento de Tecnología (Facultad de Ciencias Exactas de la Universidad Nacional de La Plata) que comenzaron a ser reconocidos a nivel internacional a partir de sus resultados y publicaciones. En 1973, se decidió la creación del CINDEFI siendo el Dr. Rodolfo Ertola su principal promotor y también su primer Director.

El CINDEFI, si bien es un centro de mediano tamaño, es uno de los pocos institutos de reconocido nivel en el país e incluso a nivel latinoamericano en el área de la biotecnología aplicada y, en particular, de los bioprocesos. Por otro lado, sus investigadores tienen una producción importante de publicaciones en revistas de difusión internacional que los hace reconocidos en sus propias especialidades.

En la actualidad el CINDEFI es una de las Unidades Ejecutoras pertenecientes al CCT La Plata dentro del convenio marco CONICET-UNLP.